La ermita de la Virgen también se comenzó a reconstruir una vez que las aguas y los fangos se retiraron. Situado en las cercanías del convento de Santo Domingo el Real, el eremitorio se ubicaba en un paraje conocido como soto del río, donde la tradición relataba que se había hallado una imagen de una Virgen niña. La Virgen Pequeña pasó a su actual denominación a raíz de otro luctuoso hecho acaecido en la Villa, como fue la terrible epidemia de peste de finales del siglo XVII. Los alcantarilleros, diezmados por la enfermedad, vuelven sus ojos a su Patrona, a la que sacan en procesión y rogativa, obrándose el milagro y remitiendo el azote de la enfermedad. Desde ese momento, la Virgen pasa a denominarse de la Salud.

A comienzos del siglo XVIII, la imagen de la Patrona se trasladará al convento de los Padres Mínimos de San Francisco de Paula, que actuaba como hospicio, colegio y hospital para Alcantarilla. El traslado, acaecido durante la alcaldía de Antonio de Avilés, se produjo por el lamentable estado de abandono y deterioro de la ermita de la Patrona. El siguiente gran cambio en el devenir de la Virgen de la Salud se efectúa a partir de la desamortización de los bienes eclesiásticos promulgada por el ministro Mendizábal en 1837. Los frailes son expulsados del convento, sus propiedades confiscadas y el convento cerrado al culto. Durante buena parte del siglo XIX, la devoción por la Patrona se eclipsa y oculta, aunque en ocasiones, durante los meses de mayo, es festejada gracias al esfuerzo de la parroquia de San Pedro y el ayuntamiento de turno.

A principios del siglo XX se constituye una Hermandad de la Patrona, de la que es Hermano Mayor Emilio López Palacios, médico de la localidad, pero tras su fallecimiento en 1916, la Hermandad se disuelve y la imagen de la patrona vuelve a ocultarse. En 1936, con el estallido de la Guerra Civil, el convento es profanado y saqueado, siendo la imagen de la Salud una de las que acabarán pasto de las llamas. Tras el fin de la guerra, se encarga al escultor Nicolás Martínez Ramón la actual imagen, que retorna a su camarín en el convento de San Francisco. En aquellos años, la devoción vivía momentos bajos que sólo el esfuerzo de Antonio Domingo Manzano, Antonio El Manco, mantenía viva por su dedicación oficiosa a la tarea de camarero de la Virgen. En 1949, se organizan del 20 al 29 de mayo unas Fiestas Mayores en honor a la Patrona, que se trasladó al Ayuntamiento en procesión. La celebración no tuvo continuidad, pero la Virgen de la Salud sería nombrada Alcaldesa Honoraria de la Villa el 29 de abril de 1955, a propuesta del alcalde Juan Martínez Beltrán.

En 1967, la imagen de la Patrona es trasladada al recién remodelado templo parroquial de San Pedro Apóstol, tras el acuerdo del párroco, Diego Hellín, con el obispo, Ramón Sanahuja. Tres años más tarde, gracias al impulso del nuevo párroco, José García Martínez, y el alcalde Fulgencio Pérez Artero, Alcantarilla contaría con unas fiestas en honor de su Patrona, cuya primera edición tuvo lugar en 1971. El último domingo de ese mes de mayo, la Virgen de la Salud procesiona por vez primera en muchos años por Alcantarilla. En 1973 se constituye de forma oficiosa la Hermandad de Nuestra Señora de la Salud, cuyo primer Hermano Mayor sería el médico José Capel. Finalmente, el 9 de febrero de 1974, el Obispado aprueba los primeros estatutos de la Hermandad. Durante su corta historia, la Hermandad de la Virgen de la Salud ha contado con nueve hermanos mayores.

En 1996, durante sus fiestas, la Patrona recibió la Medalla de Oro de Alcantarilla por parte de la corporación municipal que presidía Lázaro Mellado. El obispo Javier Azagra se la impuso en un acto que tuvo lugar el último domingo de mayo de aquel año. El último hito de nuestra Patrona se produjo con motivo de los actos jubilares de 2000, cuando se trasladó a la Catedral de Murcia en el mes de septiembre.